Roy Mustang est un alchimiste d'état et il est surnommé "Alchimiste de Flamme". En effet, grâce à son gant gravé d'un cercle de transmutation spécial, il peut d'un claquement de doigts, créer du feu. Cette flamme est générée grâce à l'étincelle formée par le frottement de la matière du gant sur elle-même. Une fois fait, il réajuste le dioxygène présent dans l'air et y induit une explosion. C'est un personnage rongé par le passé et notamment par sa participation à la guerre d'Ishbal menée par l'armée, il a ainsi participé aux massacres des Ishbals et a dû exécuter les parents de Winry Rockbell. C'est pour cela qu'il va couvrir les frères Elric lors de leurs interventions contre l'Armée. Bien qu'il semble n'être qu'un "Chien de l'Armée", son but est d'accéder au plus haut rang, c'est à dire d'atteindre le poste de généralisme pour pouvoir arrêter les massacres comme celui des Ishbals et changer en profondeur le régime d'Amestris (et, accessoirement, faire entrer les mini jupes dans les uniformes de l'armée et ne plus avoir que des femmes soldats).
Il porte une grande affection pour ses subordonnés même s'il semble tout faire pour le cacher, cette affection est également au centre de sa vision, un peu trop idéal de l'armée où les supérieurs doivent protéger les faibles en échange de la confiance et de l'obéissance de subordonné, le but étant de créer une sorte de pyramide où à la tête, le président, protège tout le monde.
Juste après que Edward Elric ait perdu ses membres lors de la transmutation humaine pour ramener sa mère à la vie, c'est Roy Mustang qui l'a poussé à passer l'examen des alchimistes pour devenir officiellement un alchimiste d'état et être à la solde de l'armée. Il était le meilleur ami de Maes Hughes et a été très affecté par son assassinat. Il entretient une relation entre l'amitié et l'amour avec le lieutenant Riza Hawkeye du fait qu'elle soit la fille de son maître mais également parce qu'ils ont tout les deux été affecté par la guerre d'Ishbal. A la fin de la série, il sera âgé de 29 ans quand il tuera le généralissime King Bradley qui était en réalité un homonculus, pour battre ce dernier Roy Mustang sera aidé du lieutenant Riza Hawkeye mais malgré son aide, il perdra son ½il gauche dans ce combat.